Precision 5860 Tower のPCIe Slot（CPU直結Slot）はBIOSアップデートで認識しなくなった

Precision 5860 Tower のPCIe Slot にFPGAボード（PCIe Gen4 x16）を接続して評価をしています。

PCIe Slot は１～5があり、そのうち Slot3 のみがPCH経由で、残りはCPU直結Slotです。

CPU直結のPCIe Slotは、BIOSを 1.0.8 から 1.1.11 にアップデートすると、OSから認識されなくなります（デバイスマネージャーの一覧に表示されない）。

なお、BIOS画面でPCIeデバイスを確認すると、BIOS 1.0.8 では「Unknown」と表示されるのに対し、BIOS 1.1.11 では「Mass Storage」と表示されます。クラスコードは 0xFF0000 などを使用しており決して Mass Storage ではありません。

BIOSをダウングレードする以外の方法で解決する方法を教えてください。